Завязка сюжета такова. На Землю вторглись пришельцы, названные Новами. Для борьбы с ними используют генетически-модифицированных людей, в тело который вживлены споры некой субстанции с названием "стигма", созданой на основе генома пришельцев. Те, кто способен без серьёзных побочных эффектов использовать стигму, проходят обучение в особых военных академиях. При этом связки бойцов всегда состоят из девушки(их называют Пандорами) и одного(крайне редко нескольких) парней(называемых Ограничителями). Из-за особенностей взаимодействия "связок" отношения между напарниками всегда очень тесные...
Сестра Аоя Казуя была одной из сильнейштх Пандор(благодаря редкой мутации она могла переносить значительно большее количество спор стигмвы, чем обычные люди). Но, когда девушка погибла на поле боя, Казуя во что бы то не стало решил стать Ограничителем. Для этого парень поступил в академию Западного Генетикса, где сблизился с Бриджит Л. Сателлайзер, очень сильной Пандорой, сильно напоминающей его сестру. Проблема лишь одна. По каким-то апричинам девушка категорически не может сблизиться ни с одним из Ограничителей, что привело к трагедии в прошлом и вызывает ненависть как одноклассников, так и семпаев Академии в настоящем...